U Primorsko-goranskoj županiji jučer je zabilježen 351 novi slučaj zaraze koronavirusom na jednom od dosad najvećeg broja laboratorijski obrađenih testova koji je iznosio 1.224 uzorka. Broj aktivnih slučajeva COVID-19 na području PGŽ-a jučer se popeo na 2.729, a porastao je i broj hospitaliziranih bolesnika koji se liječe u Kliničkom bolničkom centru Rijeka i kojih je jučer bilo 107. Na respiratoru je 12 osoba, dok je broj osoba koje se u hrvatskim bolnicama kao najteži oboljeli od COVID-19 liječe na respiratoru jučer iznosio 121. U bolnicama se liječi 1.201 pacijent, a prema izvješću Nacionalnog stožera civilne zaštite jučer je od posljedica koronavirusa preminuo 21 bolesnik. Broj novih slučajeva iznosio je 1.321, a broj aktivnih slučajeva u Hrvatskoj jučer je prešao deset tisuća i iznosio 10.092 slučajeva bolesti.

Kao jedan od uzroka novog jačanja epidemije navodi se britanska varijanta koronavirusa koja prema procjenama epidemiologa trenutno u PGŽ-u prevladava i čini gotovo dvije trećine slučajeva.

I znanstvenici Medicinskog fakulteta u Rijeci nedavno su i dokazali sve veću prisutnost zaraznije britanske varijante i na području PGŽ-a, a uskoro planiraju i još jedno sveobuhvatnije sekvencioniranje uzorka virusa koji kola na našem području.

Uzorci iz veljače

– Zasad smo proveli optimizaciju izolacije virusne RNA iz različitih vrsta medija i briseva i njene pretvorbe u oblik pogodan za sekvencioniranje tzv. reverzne transkripcije. Naime, kod izolacije virusa i pripreme uzoraka za sekvencioniranje postoje različiti protokoli i paketi kemikalija i treba prvo probati što najbolje funkcionira u vašim rukama i na vašim uzorcima kako biste kasnije imali što manje neuspjelih pokušaja.

Za te potrebe uzeli smo nasumično uzorke, ne obraćajući pažnju na kliničku sliku pacijenata od kojih su uzeti. Jedini kriterij je bio da ti uzorci pokriju širok dijapazon količine virusa kako bismo dobili ideju o tome koja je najmanja količina koja se može uspješno sekvencionirati.

Tzv. britanski soj, odnosno soj B.1.1.7. nađen je kod značajnog broja uzoraka, na šest od ukupno 16. Neki od tih uzoraka uzeti su još u veljači tako da je taj soj u PGŽ-u prisutan već neko vrijeme. Osim tzv. britanskog soja, pronađen je i tzv. »češki« soj u sedam uzoraka, a on se također povezuje s nešto višom virulentnošću. Kao virologu, nije mi neobično da dolazi do pojave novih sojeva. Sva bića nakupljaju mutacije, kod virusa to ide nešto brže jer imaju manje mehanizama popravka, a i puno se brže umnažaju.

I nije ni neobično da sojevi koji se brže šire počnu prevladavati u populaciji, objašnjava doc. dr. Vanda Juranić Lisnić sa Zavoda za histologiju i embriologiju Medicinskog fakulteta u Rijeci.

Medicinski fakultet u Rijeci već je nekoliko godina sjedište Znanstvenog centra izvrsnosti za virusnu imunologiju i cjepiva pod vodstvom prof. dr. Stipana Jonjića. Iako je misija ovog centra istraživačka, gotovo od samog početka epidemije znanstvenici su se uključili u borbu protiv virusa.

Brza dijagnostika

– Smatrali smo to našom moralnom obavezom kao akademski građani ove zemlje koji imaju potrebne ekspertize. Tako se od travnja 2020. u Centru za proteomiku Medicinskog fakulteta provodi dijagnostika SARS-CoV-2 virusa, uhodali smo i optimizirali novu, bržu i jednostavniju metodu za dijagnostiku virusa kvantitativnim PCR-om, a nedavno smo s KBC-om Rijeka osnovali i prvi Laboratorij za brzu molekularnu dijagnostiku u hitnoj medicini koji provodi dijagnostiku u samom srcu odjela hitne medicine na Sušaku. Stoga, kada su se počele pojavljivati nove virulentnije varijante virusa, bilo je prirodno da se uključimo i u detekciju novih varijanata.

Sastali smo se s našim epidemiolozima prof. dr. Vladimirom Mićovićem i dr. Dobricom Rončevićem te s voditeljicom OHBP-a Rijeka i novog laboratorija, dr. Martinom Pavletić koji su izrazili zainteresiranost da neki naši uzorci sekvencioniraju te spremnost da nam pošalju svoje uzorke. Mi doduše nemamo odgovarajući sekvencer, međutim imamo ekspertizu u radu s virusima i pripremi uzoraka, a u sklopu Znanstvenog centra izvrsnosti već dugi niz godina surađujemo s timom dr. Dubravka Forčića sa Centra za istraživanje i prijenos znanja u biotehnologiji u Zagrebu koji je stručnjak za sekvencioniranje i daljnju analizu rezultata, pojašnjava Juranić Lisnić.

Prema njezinim riječima, dosadašnja sekvencioniranja su samo početak, a epidemiolozima i kliničarima jako je važno imati sliku virusa koji kolaju u našoj populaciji kako bi se mogli pripremiti.

Skupe kemikalije

– Kemikalije za sveobuhvatnije testiranje su naručene, dogovaramo suradnje i s drugim centrima, odnosno drugim znanstvenicima. U Centru za proteomiku i Laboratoriju za brzu molekularnu dijagnostiku hitnoj medicini već su nabavljeni i novi testovi koji kvantitativnim PCR-om mogu detektirati neke od ovih relevantnijih virusnih varijanata. Primarna motivacija nam je pomoć u pandemiji, međutim, kao znanstvenici, svakako ćemo i dublje analizirati podatke koje dobijemo. Za sada smo naručili kemikalija za stotinjak uzoraka. Sav potrošni materijal i kemikalije za sekvencioniranje su prilično skupi pa krećemo štedljivo, a onda ćemo vidjeti kako će nam ići i hoće li institucije prepoznati naše napore kao nešto što se isplati poduprijeti. Potporu našeg Nastavnog zavoda za javno zdravstvo i KBC-a Rijeka, jasno, već imamo, zaključuje Juranić Lisnić.