Koža je kod lignje izrazito tanka i vrlo složeno građena. Ispod gornjeg epidermalnog sloja se nalazi vezivno tkivo sastavljeno od mišićnih vlakana, kromatofora i iridocita.

Kromatofori su stanice zvjezdastog oblika koje sadrže pigment i pomoću njih lignje mogu mijenjati boju. Postavljene su u nekoliko slojeva pri čemu razlikujemo prave kromatofore koji su crvene, narančaste i žute boje, te melanofore koji su crne ili smeđe boje, a koji se najjasnije ističu kod mužjaka u prednjem dijelu plašta kao crne točkice ili crtice.

Kad je lignja u stanju mirovanja, pigment je koncentriran u središtu stanice tako da kromatofori izgledaju kao točkice boja, no kad se uznemiri tada mišićna vlakna kontrahiraju šireći pigment preko cijele stanice čime se formira mrlja nepravilnog oblika.

Iridociti su specijalizirane stanice s kristalima guanina i lipoforama koji u zavisnosti od svog položaja i kuta pod površinom kože mogu imati funkciju ogledala ili prizmi.

Raznolikim kombinacijama kromatofora i iridocita te brzini živčanog upravljanja, lignja može izuzetno brzo mijenjati boju od prozirnobijele do tamne ljubičastocrvene.

Osim za kamuflažu, stanice kromatofora služe i za primitivni oblik komunikacije što se jasno može uočiti za vrijeme parenja.

Iako se čine vrlo osjetljivima, lignje imaju izuzetno razvijenu sposobnost regeneracije. Oštećeni dio tijela zarasta vrlo brzo bez ikakvih ožiljaka, dok se otrgnuti kraci ili tentakuli u kratkom vremenu u potpunosti regeneriraju.

I mada se doimaju kao beskrvna bića, lignje ipak imaju krv. Za razliku od kralježnjaka kod kojih je u hemoglobinu za crvenu boju krvi zaslužan atom željeza, lignje u svom krvnom pigmentu hemiocianinu imaju atom bakra, zbog čega je njihova krv gotovo bezbojna, tek lagano plavkasta.

A tu plavkasto-prozirnu krv kroz krvotok ne tjera jedno, već tri srca. Cirkulacijski sistem lignje se sastoji od jednog pravog srca, dva škržna srca, škržnih žlijezda i krvnih žila. Uz sav taj pogon, u tjeranju krvi kroz krvotok sudjeluju i arterije vrlo debelih stjenki koje neprestano ritmički pulsiraju.