Franjo je bio prvi papa u povijesti koji je imao više simpatija među hrvatskom ljevicom nego desnicom. Ljevičare je oduševio izjavama o potrebi okretanja Katoličke crkve siromašnima, o potrebi pomaganja izbjeglicama i o tome da je unutar Katoličke crkve potrebno pronaći mjesta za različite manjine, uključujući i one seksualne. Usto, nije kao neki od njegovih predšasnika bio voljan dovesti do kraja beatifikaciju Alojzija Stepinca, a jako je zatezao i oko Međugorja. Desnica mu je jako zamjerala većinu gore navedenog, a posebno Mješovitu komisiju o Stepincu.

Na kraju je zaista ispalo da je između pape Franje i Katoličke crkve u Hrvata ostala jedna velika i nikad do kraja razriješena stvar. Kolikogod obje strane o tome šutjele. Alojzije Stepinac. Za vrijeme pontifikata jednog pape, Ivana Pavla II., pokrenut je proces beatifikacije, a za vrijeme drugog, Franje, on je praktički bio blokiran. Gledajući sa strane, kao netko tko ne sudjeluje u životu Katoličke crkve u Hrvatskoj, čovjek ne može a da ipak ne ocijeni ne baš najsretnijim potezom osnivanje Mješovite komisije zajedno s predstavnicima Srpske pravoslavne crkve (SPC). Posebno kada se vidi tko je u komisiji sa srpske strane na kraju bio. Ako je Sveta Stolica imala, a očito još uvijek ima, zadršku kada je u pitanju proglašenje svetim kardinala Stepinca zbog nekih njegovih postupaka tijekom Drugog svjetskog rata, onda je to, opet ponavljamo gledajući ovako sa strane, možda ipak trebalo rješavati unutar kuće. Jer, formiranjem te Mješovite komisije slučaj Stepinac definitivno se prelio iz teme koja se tiče samo vjernika u dnevnu politiku koja se tiče svih. Ako ništa drugo, zbog toga što su neki koji su sa srpske strane u toj Mješovitoj komisiji bili, još davno prije postojali i djelovali više kao političari, a manje kao duhovnici unutar samog SPC-a.

Recimo, jedan od glavnih faktora sa strane SPC-a bio je mitropolit crnogorsko-primorski Amfilohije Radović koji je paralelno sa sudjelovanjem u odlučivanju o Stepincu svakodnevno bio aktivan u najbanalnijoj dnevnoj politici u Crnoj Gori. Tu je organizirao takozvane litije čiji je glavni cilj bilo rušenje vlasti dugogodišnjeg predsjednika Crne Gore i čovjeka koji je vodio projekt crnogorske samostalnosti Mila Đukanovića. Crna Gora je susjedna država Hrvatske. I Hrvatskoj, vjerničkoj, ali i onoj svjetovnoj, nije i ne može biti svejedno što se u toj zemlji događa. Još jednom naglašavamo: hoće li Stepinac biti proglašen svetim isključivo je stvar Svete Stolice. Ako ona smatra da ne može, ili da još nije vrijeme, nije na bilo kome, posebno ne onima koji nisu vjernici, da na bilo koji način dovode u pitanju odluke pape Franje koje su išle u tom smjeru. Ali ako se dozvoli da se, recimo, u cijelu priču uključi osoba koja ruši vlast u Hrvatskoj susjednoj prijateljskoj zemlji, onda se situacija prelijeva u nešto što bi se moglo ticati i građana koji uopće nisu vjernici.

Što se tiče uloge Pape Franje kao osobe čije su se ideje i objekcije pratile sa zanimanjem i poštovanjem u cijelom svijetu, njegova je ostavština definitivno pozitivna. Iako je kao prvi čovjek isusovačkog reda u Argentini slijedio mišljenje Katoličke crkve koja je bila odlučno protiv Teologije oslobođenja, on je kao Papa ipak u velikoj mjeri afirmirao neke postulate te ideje koja je bila itekako popularna tijekom šezdesetih i sedamdesetih godina prošlog stoljeća među nižim slojevima svećenstva u Latinskoj Americi. Papa Franjo snažno je inzistirao na Katoličkoj crkvi koja se mora brinuti za siromašne i sirotinju svih vrsta. I podržavati ih u borbi za elementarno ljudsko dostojanstvo. Iz te ideje potekla je i sama Teologija oslobođenja koju su kreirali ljudi zagađeni brutalnim razlikama između života krajnje siromašne većine stanovništva Latinske Amerike i besramnog bogatstva u rukama par postotaka onih koji su držali svu ekonomsku i političku moć.

Usto, papa Franjo govorio je i o tragičnim sudbinama stotina tisuća ljudi koji su preko Mediterana plovili prema sigurnom i boljem životu u Europi. Onih ljudi čiji je put često završavao u mediteranskim dubinama, prije nego što su tu Europu uopće ugledali, a kamoli da su stali nogom na njeno tlo. Promijenio je Katoličku crkvu.