Snimio Damir ŠKOMRLJ
Radimo na neurodegenerativnim bolestima i organizaciji ljudskog genoma, a riječ je o projektu razvoja lijekova protiv Alzheimerove bolesti, kaže prof. dr. Sandra Kraljević Pavelić s Odjela za biotehnologiju
RIJEKA Različiti projekti koje provodimo ili ćemo provoditi imaju potrebe za različitim računalnim metodama. Naravno, za korisne rezultate potrebna su jaka računala, pa su za rješavanje složenih problema kakve imamo na Odjelu za biotehnologiju i Centru za visokopropusne tehnologije potrebna računala visokog kapaciteta, kakvo je superračunalo koje je stiglo na Sveučilište u Rijeci – kaže prof. dr. Sandra Kraljević Pavelić s Odjela za biotehnologiju.
Dodajući kako Odjel vrlo brzo planira koristiti moćno superračunalo Bura u tri područja, a riječ je o kemiji »in silico«, atmosferskoj kemiji i visokoprotočnoj analitici, prof. dr. Kraljević Pavelić ističe da odjel u ovom trenutku radi na dva ključna problema 21. stoljeća kada je riječ o znanosti o životu, u kojima će Bura »teška« 44 milijuna kuna odigrati veliku ulogu.
Složna interakcija
– Radimo na neurodegenerativnim bolesti i organizaciji ljudskog genoma, a riječ je o projektu razvoja lijekova protiv Alzheimerove bolesti na kojem radi doc. dr. Željko Svedružić. Projekt se provodi u suradnji s američkom farmaceutskom tvrtkom, a uz pomoć moćnih računala kakvo je ovo na Sveučilištu u Rijeci, moguće je razvijati algoritme za oživljavanje molekula u računalima što je ključna aktivnost unutar ove suradnje. Stoga očekujemo kako će superračunalo vrlo brzo pomoći u rješavanju postojećih problema »in silico« dizajna lijekova. To je moguće stoga što će se razvojem računalne tehnologije i numeričkih simulacija moći različite eksperimentalne rezultate svesti pod jedan molekularni mehanizam tako da se različite hipoteze mogu sjediniti u jednu smislenu cjelinu. Naime, nove računalne tehnologije omogućavaju biokemijska traženja biokemijskih logika u strukturama bez potrebe za poznavanjem složene matematike, pojašnjava prof. dr. Kraljević Pavelić.
Superračunalo će biti ključno i za pohranjivanje podataka dobivenih vrhunskim visokoprotočnim tehnologijama i razvoj sučelja za njihovo korištenje i modeliranje, kao što su podaci o maslinovom ulju i vinima u regiji, kao i drugim autohtonim proizvodima, te podaci o raznim bolestima. Odjel u svojim istraživanjima već koristi niz postojećih otvorenih europskih baza podataka, kao primjerice one proteinske iz Europskog laboratorija za molekularnu biologiju.
– Planiramo proširiti podatkovne resurse i vlastitim bazama podataka o proteinima i glikoproteinima, primjerice u sklopu projekta »Glycomet« koji vodi prof. dr. Đuro Josić. Atmosferska kemija koju na odjelu vodi doc. dr. Katja Džepina, predstavlja praćenje složene interakcije kemije okoliša, fizike, meteorologije, geologije i ostalih disciplina, što iziskuje računalno modeliranje. Atmosferska kemija, naime, nastoji upravo uz pomoć računala pomoći i riješiti uzroke niza postojećih klimatskih problema i nepoznanica, kao što su kisele kiše, smanjivanje zaliha ozona, fotokemijska zagađenja, efekti stakleničkih plinova, globalno zatopljenje. Kemijski sustav atmosfere izuzetno je važan zbog interakcije atmosfere sa živim organizmima, a sve promjene atmosfere odražavaju se i na promjene prirodnih procesa. Kako bi se razumjela složenost tih pojava, itekako su potrebni moćni računalni sustavi, a program atmosferske kemije realizira se zajedno sa Nastavnim zavodom za javno zdravstvo PGŽ-a, navodi prof. dr. Kraljević Pavelić.
Nove informacije
Njena je ocjena da je nabavka superračunala na Sveučilištu u Rijeci, barem sa stanovišta biotehnologije, bio dalekovidan i nadasve koristan potez koji je otvorio horizonte postojećih istraživanja i dao dodatnu vrijednost znanstvenom životu Sveučilišta. Kao što je i sva ostala oprema pristigla u Kampus, radi se o moćnom alatu čije mogućnosti, primjena i korist ovise prije svega o našim idejama, inventivnosti i strategiji razvoja.
– Superračunalo, kad je riječ o području biotehnologije, smatramo ključnim u području stvaranja novih informacija potencijalno iskoristivih u biološkim istraživanjima te za podršku znanstvenim istraživanjima. Superračunalo će omogućiti prijenos podataka u stvarno okruženje, primjerice medicinu, farmaceutsku industriju, znanost o okolišu, bioindustriju i slično. S obzirom na postojeći stupanj opremljenosti i ekspertize Odjela za biotehnologiju i Centra za visokopropusne tehnologije ukazuje se potreba za informatičkom infrastrukturom koja omogućava s jedne strane pohranu velike količine znanstvenih podataka, a s druge strane jednostavan i brz pristup tim podacima objedinjenima u jednu kompleksnu i svrsishodnu cjelinu. Pritom su glavni izazovi koje uz pomoć superračunala namjeravamo riješiti pohrana podataka, njihova integracija te interoperabilnost s drugim sličnim infastrukturama. Slično, planiramo razvijati alate za korištenje infrastrukture u području biotehnologije i obuku znanstvenika. U dogovoru s pročelnikom Centra za napredno modeliranje i računanje prof. dr. Zlatanom Carom već smo osmislili sustav pohranjivanja i nadzora bioloških podataka s planom kreiranja registara podataka i koordiniranja podatkovnih normi – zaključuje prof. dr. Kraljević Pavelić.
