Hrvatske snage u Vukovaru i Borovu Naselju prestale su između 17. i 19. studenoga 1991. godine pružati otpor jedinicama JNA pojačanim dobrovoljačkim četničkim jedinicama i teritorijalnom obranom srpskih pobunjenika. Nakon gotovo puna tri mjeseca završila je najkrvavija i najtraumatičnija bitka Domovinskog rata zapamćena po snažnom i vojno nevjerojatnom otporu hrvatskih snaga nadmoćnom napadaču, ali i po golemim razaranjima grada i zločinima počinjenima za vrijeme i nakon bitke.

Iako je sukoba bilo i prije 24. kolovoza, taj se datum obično smatra datumom početka opsade grada. Tog su dana hrvatske snage srušile dva zrakoplova JNA koji su mitraljirali silos Đergaj. Prva faza operacije JNA potrajala je do kraja rujna. Grad je žestoko bombardiran i granatiran, a JNA je tenkovskim napadima pokušavala razdvojiti snage branitelja grada. Te snage, računajući i okolna naselja, nikada nisu imale više od 2.000 ljudi. Grad je izravno napadalo do 12.000 ljudi (znatne snage bile su raspoređene i na širem bojištu koje je obuhvaćalo Baranju, istočnu Slavoniju i Srijem), ojačane snažnim oklopnim i topničkim postrojbama, ratnim zrakoplovstvom i riječnom flotilom. Zbog vojnog neuspjeha, neočekivano dugog trajanja operacije i golemih gubitaka krajem rujna, JNA se pregrupirala i to u tri skupine. Za izravan napad na grad bile su zadužene operativne skupine Sjever i Jug. Početkom listopada JNA je okupirala Marince i Cerić, a dva pokušaja proboja Hrvatske vojske prema opkoljenom gradu, sredinom listopada i sredinom studenoga, nisu uspjeli. Završni napad na već gotovo potpuno razrušeni grad JNA je započela 3. studenoga. Otpor u Vukovaru i Borovu Naselju prestao je između 17. i 19. studenoga.

Hrvatske su vlasti, kao i stanovnici Vukovara, uoči okupacije strahovali od odmazde JNA i četničkih jedinica nad zarobljenicima, ali i civilima. Vlada Republike Hrvatske zatražila je od JNA i međunarodne zajednice sigurnosna jamstva za zarobljenike i civile. Jugoslavenski Savezni sektretarijat za narodnu obranu (SSNO) je 18. studenoga, na dan kada je u Vukovaru prestao praktično svaki otpor, taj zahtjev odbacio kao neosnovan. Pukovnik Miodrag Starčević izjavio je da »nema realnog osnova za strah da će bilo tko u Vukovaru  masakrirati starce, žene, djecu«.

Unutarnji neprijatelj

Za vrijeme bitke za Vukovar poginulo je s hrvatske strane najmanje 1. 800 (po nekim procjenama i 3.000) ljudi. U vrijeme kada je Starčević davao izjavu započeo je progon 22.000 ljudi iz grada, pripremalo se prebacivanje više tisuća zarobljenika u logore u Srbiji u kojima su mučeni, ponižavani, a neki i ubijeni, a započele su pripreme i za zločine počinjene na širem području grada neposredno nakon okupacije od kojih je najzloglasniji masakr počinjen na Ovčari. Na tom poljoprivrednom dobru pogubljeno je 20. studenoga oko 267 ljudi mahom odvedenih iz vukovarske bolnice. Pogubljeni su ranjenici, bolničko osoblje, civili. Najmlađa žrtva bio je 16-godišnji Igor Kačić, najstarija 72-godišnji Dragutin Bosanac, svekar ravnateljice vukovarske bolnice Vesne Bosanac, odvedene u zarobljeništvo u Srbiju. Ubijena je i 32-godišnja Ružica Markobašić koja je bila u šestom mjesecu trudnoće.  Siniša Glavašević, novinar koji je svojim izvještajima iz opkoljenog grada stekao legendaran status.

Za tri mjeseca koliko je trajala opsada Vukovara taj je grad postao snažan simbol otpora i herojstva. Svijest o tome da se grad na koncu neće moći obraniti stvorila je sredinom studenoga u Hrvatskoj dramatičnu situaciju. Na sjednici Vlade raspravljalo se o tome  hoće li se moći zaštititi srpsko stanovništvo u gradovima od odmazde dogodi li se u Vukovaru pokolj. U javnosti je stvarana psihoza i širena je teza, u čemu je sudjelovala i kontraobavještajna služba JNA, da pad Vukovara znači i pad Hrvatske, ali i teza da je vodstvo Hrvatske izdalo Vukovar. Istovremeno je u Hrvatskoj širena teza o pripremi državnog udara, a u središtu te priče zatekao se Mile Dedaković, zapovjednik obrane Vukovara. Uoči okupacije Vukovara predsjednik Franjo Tuđman je na prijedlog Vrhovnog državnog vijeća formirao Komisiju za utvrđivanje činjenica o okolnostima u kojima je pripremana i vođena obrana Vukovara. Za predsjednika Komisije imenovan je Josip Manolić, tada predstojnik Ureda za zaštitu ustavnog poretka, a članovi su bili potpredsjednik Vlade Milan Ramljak, ministar obrane Gojko Šušak, ministar unutarnjih poslova Ivan Vekić, javni tužitelj Željko Olujić, pomoćnik ministra obrane Josip Perković, zamjenik predstojnika Ureda za zaštitu ustavnog poretka Zdravko Mustač, te savjetnik u Uredu Predsjednika Republike, Stjepan Herceg.  Na dan osnivanja Komisije Vukovar je praktično okupiran, istoga dana JNA je počinila masakr  u Škabrnji. Dan ranije, 17. studenoga Franjo Tuđman bio je u Gospiću gdje su se događali zločini nad srpskim civilima, gdje je bila ugrožena lička bojišnica, a ugrožen je navodno bio i sam politički vrh Republike Hrvatske. Toga dana JNA je okupirala Slunj. Dio medija odmah je zaključio da će zadatak Komisije  biti lov na vještice, odnosno »unutarnjeg neprijatelja«.

Slučaj Dedaković

Istaga je vođena o djelovanju KOS-a u Hrvatskoj 1991., ali i Hrvatske stranke prava koja je osnovala svoje vojno krilo HOS. Istragom se htjelo povezati djelovanje KOS-a i HOS-a s ciljem destabiliziranja, pa i rušenja hrvatske vlasti. Hrvatska stranka prava u to je doba zauzela Starčevićev dom u Zagrebu i ispred njega postavila naoružanu stražu i top, a inače je prakticirala radikalnu ideologiju i retoriku. Dedaković se po dolasku u Zagreb približio HSP-u i zajedno s predsjednikom stranke Dobroslavom Paragom pojavio na konferenciji za novinare. Dedaković i Paraga uhićeni su 20. studenoga. Dedakoviću se stavljalo na teret da je pronevjerio novac namijenjen obrani Vukovara, a na saslušanje je priveden i jer je napustio bojište bez odobrenja Glavnog stožera kojem se nije odazvao radi podnošenja izvješća. Dedaković je u pritvoru pretučen, a već sama ta činjenica je jasno ukazivala na to da vlast nema nikakvih dokaza protiv Dedakovića. Predsjednik Komisije Manolić izjavio je za tadašnji politički tjednik »Danas« da je Dedaković dva dana prije uhićenja doživio prometnu nesreću i tek treba utvrditi jesu li ozljede posljedica nesreće ili maltretiranja u pritvoru. Nakon okupacije Vukovara na zagrebačkom Trgu bana Jelačića dijeljen je letak kojim se vlast proglašavala izdajničkom i odgovornom za pad grada, a letak je potpisao »grad Vukovar«. Predsjednik Tuđman 24. studenog obratio se naciji poslanicom i, uz ostalo, kazao da »slučaj Vukovara i istočnoslavonskog ratišta služi kao očit dokaz o sprezi i istovjetnom radu KOS-a i HOS-a i različitih obavještajnih službi s ciljem obaranja demokratske vlasti Hrvatske«. Za pokušaj rušenja vlasti osumnjičen je i Borković, također je uhićen i u pritvoru je bio tri tjedna. I njega su tukli u pritvoru, nešto manje grubo nego Dedakovića. Sve optužbe na temelju nalaza Komisije protiv Dedakovića vremenom su odbačena na svim sudskim instancama.

Vukovar je bio okupiran više od šest godina, a u ustavnopravni poredak Republike Hrvatske vraćen je završetkom procesa mirne reintegracije 15. siječnja 1998. godine.